疾病傳播
集體運送大量動物會大幅增加疾病傳播的風險,特別是路途遙遠的話,動物互相接觸的時間就更多,令本來只存在於某個品種或地點(某些情況下兩者皆可能)的疾病,因為動物被混合運送而傳播開去。
人工繁殖的雀鳥不能返回野生雀鳥群生活,其中一個原因是,被販賣的雀鳥曾暴露於多種疾病中,若將牠們放回野外,會摧毀自然界中沒有足夠免疫力的野生鳥類。
從動物到人類(人蓄共通傳染病)
隨着野生動物貿易增長,導致更多疾病由動物傳到人類,即人蓄共通傳染病(Zoonoses)。而無論是動物抑或人類,在對抗從未接觸過的寄生蟲、病毒及真菌等新疾病時,都顯得十分無助。
沙士
2003年,嚴重急性呼吸道症候群(SARS)令香港全面停頓,此病毒是由一位來自內地的醫生帶來香港,並在短時間內令近乎300人死亡。
病毒的源頭至今仍未能確認,但有專家在南中國廣東的野味市場上,發現有五隻果子狸及一隻浣熊帶有相同病毒。一隻在市場上出售的鼬獾體內更有此病毒的抗體。科學家推斷病毒從這些動物身上傳到人類,又透過販賣野生動物的人身上傳給買家。
禽流感 H5N1
禽流感有多種病毒株,大部分都不會導致人類死亡,但在2001年及2002年,一組特殊的病毒株H5N1出現,引致嚴重疾病及多宗人類死亡個案。大多數因禽流感死亡的人士,都曾與禽蓄有近距離接觸,同時亦有野鳥因感染此病毒而死。由於香港農場多以密集式飼養禽蓄,大大增加禽蓄互相傳播的風險,所以每當檢驗出H5N1時,香港便要宰殺數以百萬計的活雞才能有效阻止疫情擴散。
沙門氏菌
沙門氏菌的傳播途徑有很多,例如吃了不衛生的食物,幼童亦有機會在因接觸過帶有沙門氏菌的爬蟲類動物而染病。沙門氏菌特別影響嬰兒、小童及免疫系統較弱的人士,病徵就如嚴重食物中毒一樣,包括腹瀉、發燒及胃部抽搐,甚至會引致敗血病(血液中毒)及腦膜炎(腦膜腫脹)。
於七十年代,曾有一段時間在細小寵物龜的糞便上發現沙門氏菌,令美國全面禁止買賣幼龜。美國傳染疾病中心有留意到,當爬蟲類寵物越來越受歡迎,沙門氏菌亦相對上升。有鑒於此,當局不建議將爬蟲類於課室飼養。