疾病傳播
集體運送大量動物會大幅增加疾病傳播的風險，特別是路途遙遠的話，動物互相接觸的時間就更多，令本來只存在於某個品種或地點（某些情況下兩者皆可能）的疾病，因為動物被混合運送而傳播開去。
人工繁殖的雀鳥不能返回野生雀鳥群生活，其中一個原因是，被販賣的雀鳥曾暴露於多種疾病中，若將牠們放回野外，會摧毀自然界中沒有足夠免疫力的野生鳥類。
從動物到人類（人蓄共通傳染病）
隨着野生動物貿易增長，導致更多疾病由動物傳到人類，即人蓄共通傳染病（Zoonoses）。而無論是動物抑或人類，在對抗從未接觸過的寄生蟲、病毒及真菌等新疾病時，都顯得十分無助。
沙士
2003年，嚴重急性呼吸道症候群（SARS）令香港全面停頓，此病毒是由一位來自內地的醫生帶來香港，並在短時間內令近乎300人死亡。
病毒的源頭至今仍未能確認，但有專家在南中國廣東的野味市場上，發現有五隻果子狸及一隻浣熊帶有相同病毒。一隻在市場上出售的鼬獾體內更有此病毒的抗體。科學家推斷病毒從這些動物身上傳到人類，又透過販賣野生動物的人身上傳給買家。
禽流感 H5N1
禽流感有多種病毒株，大部分都不會導致人類死亡，但在2001年及2002年，一組特殊的病毒株H5N1出現，引致嚴重疾病及多宗人類死亡個案。大多數因禽流感死亡的人士，都曾與禽蓄有近距離接觸，同時亦有野鳥因感染此病毒而死。由於香港農場多以密集式飼養禽蓄，大大增加禽蓄互相傳播的風險，所以每當檢驗出H5N1時，香港便要宰殺數以百萬計的活雞才能有效阻止疫情擴散。
沙門氏菌
沙門氏菌的傳播途徑有很多，例如吃了不衛生的食物，幼童亦有機會在因接觸過帶有沙門氏菌的爬蟲類動物而染病。沙門氏菌特別影響嬰兒、小童及免疫系統較弱的人士，病徵就如嚴重食物中毒一樣，包括腹瀉、發燒及胃部抽搐，甚至會引致敗血病（血液中毒）及腦膜炎（腦膜腫脹）。
於七十年代，曾有一段時間在細小寵物龜的糞便上發現沙門氏菌，令美國全面禁止買賣幼龜。美國傳染疾病中心有留意到，當爬蟲類寵物越來越受歡迎，沙門氏菌亦相對上升。有鑒於此，當局不建議將爬蟲類於課室飼養。